長崎の歴史をたどる上で欠かせないキーワードが「原爆と平和」。一瞬にして原子野と化した原爆落下中心地である浦上エリアには、今でも多くの被爆遺構が残り、当時の惨状を示す写真や資料、現代の核兵器の状況を紹介する長崎原爆資料館と共に悲惨な歴史を今に伝えている。また、キリシタン弾圧に苦しみながらも信仰を貫いた浦上の潜伏キリシタンの歴史も注目すべきところ。浦上の信徒が築いた浦上天主堂のほかにも信仰の支えとしてきた巡礼地が多く点在する。