石垣と美しい白壁に囲まれた重厚感あふれる長崎歴史文化博物館は、平成17年（2005）11月に開館。
建物は、江戸時代長崎の行政、司法、外交など幅広い役割を果たしていた長崎奉行所立山役所を絵図面や発掘された遺構などをもとに、ほぼ同じ場所に復元し、往時の姿を再現している。

また、展示のテーマを「近世長崎の海外交流史」とし、鎖国時代に唯一の海外交流の拠点として栄えた長崎に焦点を絞った。国の重要文化財や美術品をはじめとする約48000点の収蔵品をこれまでの博物館とは違い「見る」だけでなく「体験する」ことを重視した展示で、デジタル技術を駆使し、わかりやすく楽しく、長崎そして日本の海外交流の歴史にふれる工夫がされている。