浦上天主堂境内には被爆した石像などが数多く点在している。天主堂向かって左の下に流れている川横には、原爆で崩れ落ちた双塔（左側の鐘楼）の残骸が見られる。当時は川を塞いだため、50トンもある鐘楼を動かすこともできず、工事により川の流れを変えたのだという。現在も落ちたそのままの場所に残されている。この左側につるされていたアンジェラスの鐘は、現在、境内にある典礼センター・ピエタ内に保管展示されている。（平日10:00〜12:00、13:30〜17:00／日曜10:00〜12:00／木曜休館）

また、天主堂の外観正面の入口にも被爆遺構である「悲しみの聖母」「使徒聖ヨハネ」像が掲げてある。これは旧浦上天主堂を設計したフレノ神父が自ら彫刻したもので、中央の「十字架のキリスト」像は原爆で破損したため複製したもの。旧天主堂の面影を残している部分だ。