長崎市民から“お諏訪さん”と親しまれる長崎鎮守の神社は、秋の神事「長崎くんち」の大舞台だ。

弘治の頃(1555〜57)、信濃の諏訪社から御霊分けされ、当初現在の寺町にある長照寺付近に祀ってあったといわれている（その名残としてこの辺りは現在も諏訪町という）。

戦国時代、キリシタン大名・大村氏の領地となり他教を排斥したため、市内の社寺は破壊されてしまったが、肥前唐津の初代宮司・青木賢清（けんせい）が長崎奉行・長谷川権六に願い出て、森崎大権現、住吉大明神、諏訪大社の3社を合祀して再興、長崎の産土神（うぶすながみ）として寛永元年(1624)、現在の松森神社の場所に建立した。慶安元年(1648)、現在の場所に移築。