開港当時（1570年頃）の長崎を治めていた長崎甚左衛門純景が、居城近く、菩提寺にしていた寺をイエズス会に寄進。現在の春徳寺が建つのは、永禄12年（1569）、長崎初の教会トードス・オス・サントス教会が建てられた場所だ。

寛永7年（1630）に岩原郷（現・立山町）に創建された春徳寺は、その後長崎代官末次平蔵茂貞（2代）の尽力により、幕府の命によって破却されたトードス・オス・サントス教会跡地に移転した。

14代住職・鉄翁禅師は木下逸雲、三浦悟門らとともに長崎三画家といわれた南画家としても知られ、得意とした蘭の絵をはじめ多くの作品を残している。