日本初の黄檗宗の唐寺である興福寺は、中国・明の商人が長崎と行き来をはじめた頃に渡来した中国人が元和6年（1620）、航海安全を祈願してこの地に小庵を建てたことが起源となっている。そして、当時は幕府のキリスト教禁令が激しく長崎在住の中国人にもキリシタンの疑いがかかったため、興福寺を筆頭に仏教徒であることを証明するために次々に唐寺が建てられていった。

日本最古の石橋である眼鏡橋を架設したのは、興福寺の第2代默子如定（もくすにょじょう）禅師。また、中国の高僧である隠元禅師が入山した寺としても有名だ。

境内には国指定重要文化財の大雄宝殿ほか数々の文化財が立ち並ぶが、興福寺寺域自体が県指定史跡に指定されている。