日本最古の興福寺に遅れること9年、寛永6年（1629）に長崎在住の中国福建省の人達によって建てられた。そのため古くは福州寺とも呼ばれていた。

一つの寺でこれだけの文化財を擁するのは京都や奈良を除けば西日本随一という崇福寺。全部で21もの文化財がある。なかでも長崎にある3つの国宝のうち、2つ（大雄宝殿（だいゆうほうでん／本堂）、第一峰門）がこの崇福寺にあることにも注目したい（もうひとつは大浦天主堂）。

また、通常寺の門は“山門”というが、崇福寺は3つの門扉があるため三門といい、さらに二階建ての楼門でもある。竜宮城に似ていることから竜宮門とも呼ばれるこの三門に掲げられた扁額の「聖寿山」の文字は隠元禅師の筆。